新潟大学は、特色ある教育・研究を行うセンターの設置を奨励しています。現在、工学部が中心となっているセンターには、工学部附属の「工学力教育センター」と自然科学系附置の５つのコア・ステーションがあります。
工学力教育センターでは、工学の原点に立ち戻ってものづくりや研究活動の魅力や楽しさを学生に味わってもらい、これらを通じて工学技術への強いインセンティブと行動力を学生に習得してもらうための新たな教育プログラムを実施しています。地域社会や企業と連携した教育活動として、ものづくりを支える「工学力」教育をはじめ、これまでに文部科学省に採択された「企業連携による実践的キャリア教育」や１年生から研究活動を行うアクティブラーニングなど新たな実践教育を継続的に行っています。
工学部の教員が主体となっているコア・ステーションとしては、「国際情報通信研究センター」、「人間支援科学教育研究センター」、「流れの可視化研究センター」、「環境材料ナノ化学教育研究センター」および「生体材料・医用デバイス研究開発センター」の５つのセンターがあります。国際情報通信研究センターでは、「アドホックネットワーク」をはじめとして、情報通信に関する先端的な研究活動と、それを通した学生教育を行っています。人間支援科学教育研究センターでは、心身に障害や機能低下がある人でもない人でも分け隔て無く、機会均等の条件下で生活できる社会を実現するための事業を推進しています。流れの可視化研究センターでは、“流体の速度・温度・密度など目に見えない物理現象を視覚的に捉える科学”として知られる可視化に関する研究を推進しています。環境材料ナノ化学 教育研究センターでは環境と調和した人類の発展に配慮した材料開発とその利用に関する教育研究をナノ化学的観点からマクロ的視野まで含めて幅広く推進しています。また、生体材料・医用デバイス研究開発センターでは、生体適合性と力学的特性に配慮した新しい生体材料の開発・評価と，日本人の体型に合った医療用デバイスの開発などを推進しています。